Wasser prägt die Glarner Landschaft - sprudelnde Quellen, rauschende Gebirgsbäche und klare Bergseen die oberen Höhenlagen, die Flüsse Linth und Sernf sowie der Walensee und Klöntalersee die tieferen Lagen. Glarus gehört zu den wasserreichsten Kantonen der Schweiz.
Der grösste und mit 145 Metern tiefste Glarner See ist der Walensee. Rund 15 Prozent seiner Fläche liegen auf Kantonsgebiet. Im Walensee leben 16 verschiedene Fischarten. Eine besondere Bewohnerin ist die Seeforelle, ein typischer Wanderfisch. In den Zuflüssen wie der Glarner Linth geboren, wandert sie nach ein bis zwei Jahren in den See und lebt in Tiefen von bis zu 70 Metern. In der Laichzeit zwischen Oktober und Dezember kehrt sie zurück an ihr Geburts-Fliessgewässer, um zu laichen.
Einige Seen wie der Milchspüelersee im Kärpfgebiet, der Chüebodensee im Sernftal oder die Fessis-Seeli unterhalb des Gufelstocks entstanden auf natürlichem Weg durch Gletscher oder Bergstürze. Andere Seen wie der Klöntaler See, der Obersee oder der Muttsee (höchstgelegener Speichersee Europas) staute man zur Energiegewinnung zusätzlich auf. Gewisse Seen wie der Garichtisee oder der Limmernsee wurden zur Stromgewinnung künstlich angelegt.
Die Glarner Seen mit ihrer Uferlandschaft beherbergen eine grosse Vielfalt an Tier- und Pflanzenarten: für rund 20 Fisch- und 7 Amphibien-Arten sind sie wichtige Laichgewässer, zahlreichen Vögeln bieten sie wertvolle Nahrungs- und Nistplätze und für viele Insekten und Kleintiere sind sie unentbehrlicher Lebensraum.
Die meisten Glarner Bäche münden in die Linth. Diese ist mit ihren 30 Kilometern Wegstrecke das längste Fliessgewässer im Kanton. Die beiden grössten Zuflüsse in die Linth sind der Sernf und der Löntsch.
Bereits seit der Industrialisierung werden die Glarner Fliessgewässer zur Gewinnung von Wasserkraft genutzt. Entlang der Glarner Flüsse und Bäche gibt es heute gut 50 Wasserkraftwerke. Die Beeinträchtigung der Wasserläufe durch Verbauungen und Wasserkraftnutzung hat Auswirkungen auf den artenreichen Lebensraum der Fliessgewässer.
Verschiedene Projekte wie der Bau von Fischaufstiegshilfen, Uferrenaturierungen oder Flussaufweitungen wie im Chli Gäsitschachen helfen mit, den Lebensraum Fliessgewässer für die Fische, Wasservögel, Wasserkleintiere und weitere Arten wieder aufzuwerten.